ماهی ها بیش از نیمی از گونه های مهره داران را تشكيل مي دهند با اين حال برخلاف پستانداران، خزندگان و پرندگان تحقيقات زيادي درباره آنها انجام نشده و خويشاوندي میان بسیاری از انواع ماهی ها با يكديگر به طوركلي ناشناخته باقي مانده است. چندی پیش دانشمندان اطلاعات ژنتیکی و فیزیکی گسترده موجود درباره گونه هاي مختلف ماهي ها را با هم یکپارچه كردند تا یکشجره نامه جدید براي آنها درست كنند.مقدار گسترده اطلاعات تولید شده از توالي DNA ماهی ها و شمار ژن های تجزیه و تحلیل شده و نیز الگوهای جدید از روابط میان خانواده های ماهی ها مستلزم سوپررایانه هایی براي تجزیه و تحلیل آنها بوده و این تحقیق احتمالاً وسیع ترین تجدید نظر سیستماتیک درباره ماهی ها در طول تاریخ بوده است. این تحقیق برخی از یافته های قبلی درباره روابط بين ماهي ها را تأیید می کند اما يافته هاي دیگر ایده های موجود را تغییر مي دهند. به این ترتیب گروه بندی های مختلفي در این شجره نامه جدید پیشنهاد شده است. به عنوان مثال، تون ها و مارلینز هر دو ماهی هایی هستند كه به سرعت شنا مي كنند و بدن هاي بزرگ و کارآمدي دارند درحالی که در شاخه های مختلف درخت قرار داده شده اند. براساس این تحقیق به نظر می رسد که تون ها به اسب های دریایی کوچک كه کم تحرک هستند نزدیک تر باشند در حالی که مارلینز بستگان نزدیک فلت فیش ها (flatfishes) هستند که سرهاي نامتقارنی دارند. داشتن دانش لازم درباره روابط تکاملی میان ماهی ها توانایی دانشمندان را برای پیش بینی اين كه گونه های وابسته به هم چگونه ممکن است به عوامل محیطی مانند تغییرات آب و هوایی واکنش نشان دهند بهبود می بخشد.
